Vilniaus m. „PELĖDOS“ pradinė mokykla buvo įkurta 1993 metais rugsėjo 1-ąją dieną, buvusio 53-ojo lopšelio-darželio patalpose. Iš pradžių mokykla vadinosi 9-oji pradžios mokykla. Joje mokėsi 360 mokinių, dirbo 17 pedagogų. Mokyklai nuo pat įkūrimo vadovavo direktorius R. Pampikas. Nuo 2020 metų gruodžio 21 d. direktorė tapo Jolanta Sereičikienė. 2023 metų lapkričio 14 d. Vilniaus ,,Pelėdos“ pradinės mokyklos direktoriaus pareigas pradėjo eiti Joana Žvikevičienė.